El legado de la Comisión de límites Caro-Ornano puede valorarse desde diferentes planos. Desde el punto de vista político o diplomático, ya hemos visto que el enorme trabajo desarrollado para tratar de resolver los contenciosos territoriales de la frontera franco-española y deslindar y demarcar una frontera líneal, clara y permanente deparó unos resultados muy limitados. El principal de ellos, el Tratado de Elizondo, pese a ser ratificado por ambos monarcas, no fue respetado en la práctica por las comunidades locales y recibió críticas agudas y reiteradas por parte de algunas instituciones provinciales, como, en particular, el Parlamento de la Navarra francesa. Los principales conflictos a que se enfrentó la labor de la Comisión, caso del de los Alduides o el de la Selva de Irati, continuaron activos en la primera mitad del siglo XIX; y los nuevos intentos por resolverlos se sucedieron sin éxito durante dicho período hasta la firma del primer Tratado de Bayona.
Pero, pese al fracaso de sus objetivos principales, la Comisión Caro-Ornano y el Tratado de Elizondo proporcionaron un referente esencial tanto para el procedimiento seguido en las negociaciones de los Tratados de Bayona como para el resultado final de las mismas. En lo que toca al procedimiento, y como ya resaltaran algunos de los principales especialistas en la cuestión, las negociaciones previas a los Tratados de Bayona retuvieron un principio fundamental de la Comisión Caro-Ornano: la necesidad de formar las comisiones bilaterales de límites con personas externas al espacio estudiado, «capaces de mantener la equidistancia entre las presiones locales y la necesidad de llegar a un acuerdo». Y en lo tocante al resultado, conviene subrayar dos elementos. En primer lugar, que el Tratado de 1856 consagra una visión de la frontera muy parecida a la que había planteado el Tratado de Elizondo, como una línea continua, precisa y claramente demarcada que separa dos territorios bajo soberanía diferenciada, indiscutible e indivisible. Y, en segundo lugar, que, en lo relativo a la cuestión de los Alduides, el Tratado de Bayona respetó como línea divisoria la establecida por el Tratado de 1785 (“línea Caro-Ornano”), confirmando por tanto la soberanía española sobre el Quinto Real. No obstante, y a diferencia de lo dispuesto en 1785, el Tratado de 1856 y su anejo de 1858 dividieron este espacio en dos zonas de uso (el Quinto Norte, situado en la vertiente septentrional, y el Quinto Sur, en la meridional), y dispusieron su arriendo en favor de los habitantes de Baigorry (de forma perpetua en el Quinto Norte; y temporal, pero obligatoria, en el Quinto Sur), salvando de esta manera el motivo principal por el que los fronterizos franceses habían rechazado e incumplido el Tratado de Elizondo. Asimismo, la aldea de Ondarrola (Ondarrolle) y su término, que el Tratado de 1785 adjudicaba a España, quedaron finalmente bajo soberanía francesa.
En el plano científico, y particularmente en el cartográfico, el legado de la Comisión Caro-Ornano y su brigada topográfrica merece varias consideraciones. Ciertamente los resultados que produjo esta brigada, y en especial los planos y mapas que confeccionó, nunca fueron grabados, perdiéndose con ello «la oportunidad de difusión que su calidad hubiera merecido». Ciertamente también, y al igual que la Comisión para la que se creó, dicha brigada se disolvió de forma abrupta sin poder culminar su proyecto principal, cuyos ambiciosos objetivos resultaron inviables en el contexto político y diplomático desencadenado a partir del estallido de la Revolución. Sin embargo, aun con estas y otras limitaciones, el Mapa topográfico de los Montes Pyrineos y, de manera más amplia, las informaciones reunidas para su preparación, constituyen un hito importante para el conocimiento científico moderno del Pirineo, cordillera que hasta finales del siglo XVIII permaneció casi como una auténtica terra incognita.
En lo que atañe estrictamente a dicho mapa, su calidad, detalle e interés científicos no solo superan con mucho a la cartografía efectuada previamente sobre la cadena pirenaica, sino que tardarían largo tiempo en ser mejorados. Todavía en 1934, Massie se refería al mismo con admiración:
Elle [la carte] est à beaucoup plus grande échelle que tout ce qui existe ; le relief est vigoureusement accentué par l’effet d’un éclairage oblique et d’une teinte verte exprimant les régions très cultivées. Cette carte [de l’ensemble de la Chaîne] terminée aurait eu trente mètres de long.
El contenido representado en el mapa, y en particular la información referida a los usos del suelo, lo convierten también en una fuente enormemente valiosa desde el punto de vista de la geografía histórica y del conocimiento del paisaje y la organización espacial de estos ámbitos en los decenios finales del siglo XVIII. De hecho, más allá del propósito principal para el que fue concebido (esto es, el de representar y ayudar a establecer de manera precisa, clara y definitiva los límites fronterizos franco-españoles), la utilidad científica y militar del mapa ya fue advertida y defendida expresamente por los ingenieros artífices del mismo:
No me detengo en ponderar a V.d. —escribía Zara a Floridablanca— cuán interesante es al Real servicio que se concluya el Plano Topografico que fije y asegure de un modo invariable los límites que separan ambos Reinos, por cuyo defecto de siglos a esta parte se padecen en aquella frontera continuas turbaciones entre los fronterizos, confundiéndose a cada paso sus intereses según lo que a unos u otros les dicta su ambición, lo que se precave con el Plano, que en todos tiempos señalará los verdaderos lindes y términos de la separación, una vez estén arreglados y establecidos.
Permítame V.d., que con este motivo le haga presente que a más de las ventajas que son el objeto principal del levantamiento de este Mapa, tiene también las de conocer desde el Gabinete en ocasiones que se ofrezcan todas las gargantas, pasos, altos y cumbres inaccesibles del Pirineo con sus caídas a España y a Francia, sus respectivos pueblos inmediatos, y las ventajas y desventajas de las situaciones que ocupan, lo que puede interesar para muchos fines del Real servicio.
El conocimiento exacto de las alturas de esta cadena de montañas —había escrito Caro en una memoria anterior, recogiendo el testimonio de los ingenieros españoles— interesaría muchísimo a los amantes de las ciencias, entre los cuales está aún por determinar, si el Mar Océano y el Mediterráneo están o no en una misma altura, cuyo problema quedaría resuelto en esta ocasión.
En esa misma línea, algunos estudios recientes han reivindicado incluso el interés y el carácter pionero que tuvieron los trabajos de la Comisión Caro-Ornano para la exploración de la alta montaña: las operaciones geodésicas de Heredia y Junker, por ejemplo, les llevaron a ascender y conquistar por primera vez varias de las principales cimas del Pirineo central, algunos años antes de que Ramond de Carbonnières impulsara, en 1797, su primera expedición a la cumbre del Monte Perdido (que no alcanzará, de hecho, hasta 1802).
Aunque las guerras de la Primera República Francesa y el Primer Imperio (desde la de la Convención a la de la Independencia) relanzaron, tanto a uno como al otro lado de la frontera, los trabajos cartográficos sobre el conjunto de la cadena pirenaica, las iniciativas adoptadas a partir de entonces en este terreno fueron de carácter unilateral y, cuando cuajaron en resultados concretos, lo hicieron a escalas de mucho menos detalle que las utilizadas por la Comisión Caro-Ornano. De hecho, hubo que esperar casi setenta años para que se volviera a efectuar una cartografía de detalle parecido de este sector, como fue la realizada en 1863 por uno de los comisionados españoles que participaron en las negociaciones del Tratado de Límites de 1856, si bien ésta tampoco contiene la riqueza de informaciones aportada por el mapa elaborado por la Comisión Caro-Ornano. Más aún, en el caso de España, y dejando aparte el Atlas Marítimo de Vicente Tofino (1783-1789), ejecutado de manera coetánea, aunque limitado a las franjas litorales, el de la Comisión Caro-Ornano constituye posiblemente el primer mapa “regional” efectuado con métodos trigonométricos modernos, anticipándose en más de medio siglo a la publicación de la Carta Geométrica de Galicia de Domingo Fontán (1845).
Por último, cabe destacar que los trabajos de la brigada topográfica Caro-Ornano conformaron una suerte de laboratorio para poner en práctica determinadas herramientas técnicas pioneras en el campo de la geodesia (caso del círculo de repetición de Borda-Lenoir) y supusieron un hito significativo en la historia de la colaboración científica entre ambos países.
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